Nhiệm kỳ tổng thống của Mutalibov (1991–1992)

Trong khi trong giai đoạn 1990–1991, Azerbaijan đã hy sinh nhiều hơn trong cuộc đấu tranh giành độc lập khỏi Liên Xô hơn bất kỳ nước cộng hòa Liên Xô nào khác,[cần dẫn nguồn] tuyên bố độc lập do Tổng thống Ayaz Mutalibov đưa ra vào ngày 30 tháng 8 năm 1991 sau âm mưu đảo chính Liên Xô năm 1991.Mütallibov trở thành nhà lãnh đạo Liên Xô duy nhất ngoài Zviad Gamsakhurdia tán thành âm mưu đảo chính của Liên Xô bằng cách đưa ra một tuyên bố từ Tehran, đồng thời giải tán Đảng Cộng sản Azerbaijan và đề xuất thay đổi hiến pháp cho các cuộc bầu cử tổng thống trực tiếp trên toàn quốc.

Vào ngày 8 tháng 9 năm 1991, cuộc bầu cử tổng thống đầu tiên trên toàn quốc trong đó Mutalibov là ứng cử viên tranh cử duy nhất đã được tổ chức tại Azerbaijan. Dù các cuộc bầu cử không tự do và không công bằng theo tiêu chuẩn quốc tế, Mutalibov chính thức trở thành tổng thống đắc cử của Azerbaijan. Việc tuyên bố độc lập được Xô Viết tối cao của Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Xô viết Azerbaijan thông qua vào ngày 18 tháng 10 năm 1991, tiếp sau đó là sự giải thể của Đảng Cộng sản Azerbaijan. Tuy nhiên, các thành viên cũ của nó bao gồm cả Tổng thống Ayaz Mutalibov vẫn giữ chức vụ chính trị của họ.

Tháng 12 năm 1991 trong một cuộc trưng cầu dân ý trên toàn quốc, cử tri Azerbaijan đã thông qua Tuyên ngôn Độc lập do Hội đồng Tối cao thông qua; với sự giải thể của Liên bang Xô viết, Azerbaijan lúc đầu được công nhận là một quốc gia độc lập bởi Thổ Nhĩ Kỳ, Israel, Romania và Pakistan. Hoa Kỳ đã công nhận sau đó vào ngày 25 tháng 12.

Trong khi đó, xung đột về Nagorno Karabakh vẫn tiếp tục bất chấp những nỗ lực thương lượng dàn xếp. Đầu năm 1992, lãnh đạo người Armenia của Karabakh tuyên bố trở thành một nước cộng hòa độc lập. Trong thời điểm bây giờ là một cuộc chiến toàn diện giữa Armenia và Azerbaijan, người Armenia đã giành được ưu thế với sự hỗ trợ bí mật của Quân đội Nga. Những hành động tàn bạo lớn đã được thực hiện bởi cả hai bên với vụ thảm sát Khojaly giết thường dân Azerbaijan vào ngày 25 tháng 2 năm 1992, gây ra một sự náo động xã hội về việc chính phủ không hành động gì (Quân đội Azerbaijan cũng giết và bắt thường dân Armenia trong vụ thảm sát Maraga). Mütallibov đã buộc phải đệ đơn từ chức lên Quốc hội Azerbaijan vào ngày 6 tháng 3, dưới áp lực của Mặt trận nhân dân Azerbaijan.

Sự thất bại của Mutalibov trong việc xây dựng một đội quân hoàn chỉnh mà ông ta sợ rằng có thể không nằm trong tầm kiểm soát của mình đã dẫn đến sự sụp đổ của chính phủ. Vào ngày 6 tháng 5, thị trấn cuối cùng có người Azerbaijan ở Nagorno-Karabakh là Şuşa, thuộc quyền kiểm soát của Armenia. Vào ngày 14 tháng 5, Hội đồng tối cao của Azerbaijan xét xử vụ án về Thảm sát Khojaly, miễn trừ mọi trách nhiệm, hủy bỏ đơn từ chức trước đó và phục hồichức Tổng thống Azerbaijan cho Mütallibov, nhưng ngày hôm sau, ngày 15 tháng 5, các lực lượng vũ trang do Mặt trận nhân dân Azerbaijan lãnh đạo nắm quyền kiểm soát các văn phòng của Quốc hội Azerbaijan và Đài phát thanh nhà nước Azerbaijan và Đài Truyền hình qua đó hạ bệ Mütallibov, người rời đi Moscow; Hội đồng tối cao Azerbaijan bị giải tán để chuyển giao các nhiệm vụ cho Quốc hội Azerbaijan được thành lập bởi sự đại diện bình đẳng của Mặt trận nhân dân Azerbaijan và những người cộng sản trước đây. Hai ngày sau, trong khi lực lượng Armenia nắm quyền kiểm soát Lachin, Isa Gambar được bầu làm Chủ tịch mới của Quốc hội Azerbaijan và đảm nhận nhiệm vụ tạm thời của Tổng thống Azerbaijan cho đến khi cuộc bầu cử quốc gia diễn ra vào ngày 17 tháng 6 năm 1992.

Nhiệm kỳ tổng thống của Elchibey (1992–1993)

Những người Cộng sản cũ đã thất bại trong việc đưa ra một ứng cử viên khả thi tại cuộc bầu cử năm 1992. Cựu bất đồng chính kiến và tù nhân chính trị Abulfaz Elchibey, lãnh đạo của Mặt trận nhân dân Azerbaijan (PFA) được bầu làm tổng thống với hơn 60% phiếu bầu. Chương trình của ông bao gồm sự phản đối việc Azerbaijan trở thành thành viên trong Cộng đồng các Quốc gia Độc lập, quan hệ chặt chẽ hơn với Thổ Nhĩ Kỳ và mong muốn mở rộng liên kết với người Azerbaijan Iran.

Heydar Aliyev, người đã bị giới hạn tuổi 65 cản trở việc tranh cử tổng thống, đang làm tốt ở Nakhchivan. Anh phải đối mặt với sự phong tỏa của người Armenia đối với Nakhchivan. Đổi lại, Armenia phải chịu thiệt hại khi Azerbaijan ngừng tất cả giao thông đường sắt ra vào Armenia, cắt hầu hết các liên kết trên đất liền với thế giới bên ngoài. Những tác động tiêu cực về kinh tế của Xung đột Armenia-Azerbaijan dường như minh họa cho sự phụ thuộc lẫn nhau của các quốc gia Ngoại Kavkaz.

Trong vòng một năm sau khi đắc cử, Tổng thống Elchibey phải đối mặt với tình huống tương tự dẫn đến sự sụp đổ của Mutalibov. Các cuộc giao tranh trong và xung quanh Nagorno Karabakh dần dần nghiêng về phía người Armenia, những người đã chiếm giữ khoảng 1/5 lãnh thổ của Azerbaijan, tạo ra hơn một triệu người di cư trong nước. Một cuộc nổi dậy của quân đội chống lại Abulfaz Elchibey nổ ra vào đầu tháng 6 năm 1993 tại Ganja dưới sự lãnh đạo của Đại tá Surat Huseynov. Ban lãnh đạo Mặt trận nhân dân Azerbaijan tự nhận thấy rằng mình không có sự ủng hộ chính trị do hậu quả của chiến tranh, nền kinh tế ngày càng suy thoái và sự phản đối của các nhóm do Heydar Aliyev lãnh đạo. Tại Baku, Aliyev cầm cương và nhanh chóng củng cố vị trí của mình. Cuộc trưng cầu tín nhiệm vào tháng 8 đã tước bỏ chức vụ của Elchibey.

Nhiệm kỳ tổng thống của Heydar Aliyev (1993–2003)

Vào ngày 3 tháng 10 năm 1993, một cuộc bầu cử tổng thống được tổ chức và Aliyev đã giành chiến thắng áp đảo.Đến tháng 3 năm 1994, Aliyev đã có thể thoát khỏi một số phe đối lập của mình bao gồm Surat Huseynov, người đã bị bắt cùng với các đối thủ khác. Năm 1995, cựu cảnh sát quân sự bị buộc tội âm mưu đảo chính và bị giải tán. Những kẻ âm mưu đảo chính có liên hệ với những người theo chủ nghĩa dân tộc Thổ Nhĩ Kỳ cánh hữu. Sau đó, vào năm 1996, Rəsul Quliyev, cựu diễn giả của quốc hội bị lưu đày tự thân. Vì vậy, vào cuối năm 1996, Heydar Aliyev là một người thống trị tuyệt đối ở Azerbaijan.

Do kết quả của những cải cách hạn chế và việc ký kết cái gọi là "Hợp đồng Thế kỷ" vào tháng 10 năm 1994 (phức hợp mỏ dầu khổng lồ Azeri-Chirag-Guneshli) dẫn đến việc tăng xuất khẩu dầu sang các thị trường phương Tây, kinh tế bắt đầu cải thiện. Tuy nhiên, mức độ tham nhũng và chuyên chế cực đoan trong hệ thống nhà nước do Aliyev tạo ra đã ngăn cản Azerbaijan phát triển bền vững, đặc biệt là trong lĩnh vực phi dầu mỏ.

Tháng 10 năm 1998, Aliev tái đắc cử tổng thống nhiệm kỳ thứ hai. Phe đối lập suy yếu cáo buộc ông gian lận nhưng không có sự lên án rộng rãi của quốc tế về cuộc bầu cử. Nhiệm kỳ thứ hai của ông tại vị được đặc trưng bởi những cải cách hạn chế, tăng sản lượng dầu và sự thống trị của BP với tư cách là một công ty dầu khí nước ngoài chính ở Azerbaijan. Vào đầu năm 1999, mỏ khí đốt Shah Deniz khổng lồ được phát hiện khiến Azerbaijan có khả năng trở thành một nhà xuất khẩu khí đốt lớn. Một thỏa thuận xuất khẩu khí đốt đã được ký với Thổ Nhĩ Kỳ vào năm 2003. Đường ống dẫn dầu Baku-Tbilisi-Ceyhan và Đường ống dẫn khí Baku-Tbilisi-Erzerum bắt đầu khởi công vào năm 2003. Đường ống dẫn dầu được hoàn thành vào năm 2005 và đường ống dẫn khí đốt hoàn thành vào năm 2006. Azerbaijan cũng là một bên tham gia Đường ống Nabucco.

Heydar Aliyev đổ bệnh và vào tháng 4 năm 2003, ông ngã quỵ trên sân khấu và không thể trở lại cuộc sống công cộng. Vào mùa hè năm 2003, ông được đưa vào chăm sóc đặc biệt tại Hoa Kỳ, nơi ông được tuyên bố qua đời vào ngày 12 tháng 12 năm 2003.

Nhiệm kỳ tổng thống của Ilham Aliyev (2003)

Trong một cuộc bầu cử gây tranh cãi khác, con trai Heydar là Ilham Aliyev được bầu làm tổng thống cùng năm. Cuộc bầu cử được đặc trưng bởi bạo lực hàng loạt và bị các nhà quan sát nước ngoài chỉ trích. Hiện tại, sự phản đối chính trị đối với chính quyền Aliyev vẫn còn mạnh mẽ. Nhiều người không hài lòng với sự kế vị mới này và đang thúc đẩy một chính phủ dân chủ hơn. Ilham Aliyev tái đắc cử năm 2008 với 87% phiếu bầu trong khi các đảng đối lập tẩy chay cuộc bầu cử. Trong trưng cầu dân ý về hiến pháp năm 2009, giới hạn nhiệm kỳ cho chức vụ tổng thống đã bị bãi bỏ và quyền tự do báo chí bị hạn chế.

Bầu cử quốc hội 2010 đã tạo ra một Nghị viện trung thành với Aliyev: lần đầu tiên trong lịch sử Azerbaijan, không có một ứng cử viên nào từ phe đối lập Mặt trận nhân dân Azerbaijan hoặc các đảng Musavat được bầu chọn. The Economist đã ghi nhận Azerbaijan là chế độ độc tài, xếp thứ 135 trong số 167 quốc gia trong Chỉ số Dân chủ năm 2010.

Các cuộc biểu tình lặp đi lặp lại được tổ chức nhằm chống lại sự cai trị của Aliyev vào năm 2011, kêu gọi cải cách dân chủ và lật đổ chính phủ. Aliyev đã đáp trả bằng cách ra lệnh trấn áp an ninh, sử dụng vũ lực để dập tắt các nỗ lực nổi dậy ở Baku và từ chối nhượng bộ. Hơn 400 người Azerbaijan đã bị bắt kể từ khi các cuộc biểu tình bắt đầu vào tháng 3 năm 2011.[151] Các nhà lãnh đạo phe đối lập, bao gồm cả Isa Gambar của Musavat đã tuyên bố sẽ tiếp tục biểu tình mặc dù cảnh sát đã gặp ít khó khăn trong việc ngăn chặn các cuộc biểu tình ngay khi chúng bắt đầu..[152]

Vào ngày 24 tháng 10 năm 2011, Azerbaijan được bầu làm thành viên không thường trực của Hội đồng Bảo an Liên hợp quốc.[153][154] Nhiệm kỳ bắt đầu từ ngày 1 tháng 1 năm 2012.

Từ ngày 1 đến ngày 5 tháng 4 năm 2016, đã có những cuộc đụng độ mới giữa các lực lượng vũ trang Armenia và Azerbaijan. (xem Cuộc đụng độ Armenia-Azerbaijan năm 2016).